3D脑部MRI分割

matlab实现的三维医学图像分割，处理的是MRI的dicom图像，能有效分割脑白质和灰质，并计算体积，内附测试图像，可直接运行。

%analyze_series8.m

% Copyright 2004-2010 The MathWorks Inc.

%start with clean slate （nobkpt）
clear       %no variables
close all   %no figures
clc         %empty command window

%% Data Access
%----------------------------------------------------------------------

%DICOM support （nobkpt）
web（[docroot ‘/toolbox/images/intro19.html‘]）

%filename convention used in image series （nobkpt）
prefix = ‘Series 8\I0000‘;
fnum = 417:476;
ext = ‘_anon.dcm‘;

%first filename in series （nobkpt）
fname = [prefix num2str（fnum（1）） ext];

%examine file header （nobkpt）
info = dicominfo（fname）

%extract size info from metadata （nobkpt）
voxel_size = [info.PixelSpacing; info.SliceThickness]‘

%read slice images; populate XYZ matrix
hWaitBar = waitbar（0‘Reading DICOM files‘）;
for i=length（fnum）:-1:1
  fname = [prefix num2str（fnum（i）） ext];
  D（::i） = uint16（dicomread（fname））;
  waitbar（（length（fnum）-i）/length（fnum））
end
delete（hWaitBar）
whos D

%% Visualization
%----------------------------------------------------------------------

%explore image data using Image Viewer GUI tool
i = 30;  %middle slice
im = squeeze（D（::i））;
max_level = double（max（D（:）））; 
imview（im[0 max_level]）

%custom display - image data
fig1 = figure;
max_level = double（max（D（:）））; 
imshow（im[0 max_level]）
title（‘Coronal Slice #30‘）
set（fig1‘position‘[601 58 392 314]）
imview close all

%add intensity legend
colorbar

%change colormap
colormap jet

%3D visualization （doc: contourslice isosurface & isocap）
docsearch（‘visualizing mri data‘）

%explore 3D volumetric data using Slice-O-Matic GUI tool （nobkpt）
addpath（‘D:\work\Demos\others\sliceomatic‘）
sliceomatic（double（D））
%ref: submission #780 @ www.mathworks.com/matlabcentral （nobkpt）
hSlico1 = gcf;
daspect（1./voxel_size）
movegui（‘northwest‘）

%reorient data for easier interpretation （stand patient up）
D = permute（D[3 2 1]）;
voxel_size = voxel_size（[1 3 2]）;
for i=1:3
  D = flipdim（Di）;
end
whos D

%explore rotated 3D volume （new Slice-O-Matic viwer） - nobkpt
if ishandle（hSlico1） delete（hSlico1） end
sliceomatic（double（D））
daspect（1./voxel_size）
hSlico2 = gcf;
set（hSlico2‘position‘[455 63 560 420]）

%intensity distribution also useful （more custom graphics）
%max_level = double（max（D（:）））; 
my_map = jet（max_level）;
fig2 = figure; 

%intensity distribution - top 2/3 （nobkpt）
subplot（311:2）
hist（double（im（:））max_level）
axis（[0 max_level 0 900]）
title（‘Distribution‘）

%color scale - bottom 1/3 （nobkpt）
subplot（313）
imagesc（1:max_level）
colormap（my_map）
xlim（[0 max_level]）
set（gca‘ytick‘[]）
ylabel（‘Color Map‘）
xlabel（‘Intensity‘）
set（fig2‘position‘[22 60 560 300]‘render‘‘zbuffer‘）
set（fig1‘position‘[601 68 392 314]）
figure（fig1）

%% Segmentation
%----------------------------------------------------------------------

%ignore low levels （backround air CSF & other soft? tissues）
%using custom GUI tool to select b

 属性            大小     日期    时间   名称
----------- ---------  ---------- -----  ----
     文件        6845  2010-01-13 12:12  MRI Brain Scan\analyze_series8.m
     文件         427  2010-01-13 12:12  MRI Brain Scan\isinteger.m
     文件         775  2010-01-13 12:12  MRI Brain Scan\limits.m
     文件        1559  2010-01-13 12:12  MRI Brain Scan\move_vline.m
     文件         297  2010-01-13 12:12  MRI Brain Scan\movex_text.m
     文件        5421  2010-01-13 12:09  MRI Brain Scan\ReadMe.txt
     文件      132740  2010-01-13 12:09  MRI Brain Scan\Series 8\I0000417_anon.dcm
     文件      132740  2010-01-13 12:09  MRI Brain Scan\Series 8\I0000418_anon.dcm
     文件      132740  2010-01-13 12:09  MRI Brain Scan\Series 8\I0000419_anon.dcm
     文件      132740  2010-01-13 12:09  MRI Brain Scan\Series 8\I0000420_anon.dcm
     文件      132740  2010-01-13 12:09  MRI Brain Scan\Series 8\I0000421_anon.dcm
     文件      132740  2010-01-13 12:09  MRI Brain Scan\Series 8\I0000422_anon.dcm
     文件      132740  2010-01-13 12:09  MRI Brain Scan\Series 8\I0000423_anon.dcm
     文件      132740  2010-01-13 12:09  MRI Brain Scan\Series 8\I0000424_anon.dcm
     文件      132740  2010-01-13 12:09  MRI Brain Scan\Series 8\I0000425_anon.dcm
     文件      132740  2010-01-13 12:09  MRI Brain Scan\Series 8\I0000426_anon.dcm
     文件      132740  2010-01-13 12:09  MRI Brain Scan\Series 8\I0000427_anon.dcm
     文件      132740  2010-01-13 12:09  MRI Brain Scan\Series 8\I0000428_anon.dcm
     文件      132740  2010-01-13 12:09  MRI Brain Scan\Series 8\I0000429_anon.dcm
     文件      132740  2010-01-13 12:09  MRI Brain Scan\Series 8\I0000430_anon.dcm
     文件      132740  2010-01-13 12:09  MRI Brain Scan\Series 8\I0000431_anon.dcm
     文件      132740  2010-01-13 12:09  MRI Brain Scan\Series 8\I0000432_anon.dcm
     文件      132740  2010-01-13 12:09  MRI Brain Scan\Series 8\I0000433_anon.dcm
     文件      132740  2010-01-13 12:09  MRI Brain Scan\Series 8\I0000434_anon.dcm
     文件      132740  2010-01-13 12:09  MRI Brain Scan\Series 8\I0000435_anon.dcm
     文件      132740  2010-01-13 12:09  MRI Brain Scan\Series 8\I0000436_anon.dcm
     文件      132740  2010-01-13 12:09  MRI Brain Scan\Series 8\I0000437_anon.dcm
     文件      132740  2010-01-13 12:09  MRI Brain Scan\Series 8\I0000438_anon.dcm
     文件      132740  2010-01-13 12:09  MRI Brain Scan\Series 8\I0000439_anon.dcm
     文件      132740  2010-01-13 12:09  MRI Brain Scan\Series 8\I0000440_anon.dcm
     文件      132740  2010-01-13 12:09  MRI Brain Scan\Series 8\I0000441_anon.dcm
............此处省略39个文件信息