李纯明的2011年水平集新论文加上试验程序

用matlab开发的基于李纯明的2011年的水平集算法和它的实现，实验结果完全正确

% This code demonstrates the level set evolution （LSE） and bias field estimation
% proposed in the following paper:
%      C. Li R. Huang Z. Ding C. Gatenby D. N. metaxas and J. C. Gore 
%      “A Level Set Method for Image Segmentation in the Presence of Intensity
%      Inhomogeneities with Application to MRI“ IEEE Trans. Image Processing 2011
%

% Note: 
%    This code implements the two-phase formulation of the model in the above paper.
%    The two-phase formulation uses the signs of a level set function to represent
%    two disjoint regions and therefore can be used to segment an image into two regions
%    which are represented by （u>0） and （u<0） where u is the level set function.
%
%    All rights researved by Chunming Li who formulated the model designed and 
%    implemented the algorithm in the above paper.
%
% E-mail: lchunming@gmail.com
% URL: http://www.engr.uconn.edu/~cmli/
% Copyright （c） by Chunming Li
% Author: Chunming Li

close all;
clear all;
%Img=imread（‘heart_ct.bmp‘）;
Img=imread（‘myBrain_axial.bmp‘）;
Img=double（Img（::1））;
A=255;
Img=A*normalize01（Img）; % rescale the image intensities
nu=0.001*A^2; % coefficient of arc length term

sigma = 4; % scale parameter that specifies the size of the neighborhood
iter_outer=50; 
iter_inner=10;   % inner iteration for level set evolution

timestep=.1;
mu=1;  % coefficient for distance regularization term （regularize the level set function）

c0=1;
figure（1）;
imagesc（Img[0 255]）; colormap（gray）; axis off; axis equal

% initialize level set function
initialLSF = c0*ones（size（Img））;
initialLSF（30:9050:90） = -c0;
u=initialLSF;

hold on;
contour（u[0 0]‘r‘）;
title（‘Initial contour‘）;

figure（2）;
imagesc（Img[0 255]）; colormap（gray）; axis off; axis equal
hold on;
contour（u[0 0]‘r‘）;
title（‘Initial contour‘）;

epsilon=1;
b=ones（size（Img））;  %%% initialize bias field

K=fspecial（‘gaussian‘round（2*sigma）*2+1sigma）; % Gaussian kernel
KI=conv2（ImgK‘same‘）;
KONE=conv2（ones（size（Img））K‘same‘）;

[rowcol]=size（Img）;
N=row*col;

for n=1:iter_outer
    [u b C]= lse_bfe（uImg b KKONE nutimestepmuepsilon iter_inner）;

    if mod（n2）==0
        pause（0.001）;
        imagesc（Img[0 255]）; colormap（gray）; axis off; axis equal;
        hold on;
        contour（u[0 0]‘r‘）;
        iterNum=[num2str（n） ‘ iterations‘];
        title（iterNum）;
        hold off;
    end
   
end
Mask =（Img>10）;
Img_corrected=normalize01（Mask.*Img./（b+（b==0）））*255;

figure（3）; imagesc（b）;  colormap（gray）; axis off; axis equal;
title（‘Bias field‘）;

figure（4）;
imagesc（Img_corrected）; colormap（gray）; axis off; axis equal;
title（‘Bias corrected image‘）;

 属性            大小     日期    时间   名称
----------- ---------  ---------- -----  ----
     目录           0  2013-11-06 08:23  11-levelset_segmentation_biasCorrection_v1\
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     文件       18177  2013-07-25 09:12  11-levelset_segmentation_biasCorrection_v1\head000001.png
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     文件          73  2012-11-29 23:06  11-levelset_segmentation_biasCorrection_v1\Heaviside.m
     文件      263222  2013-04-23 07:59  11-levelset_segmentation_biasCorrection_v1\I870_0001.BMP
     文件     2103949  2013-07-25 21:17  11-levelset_segmentation_biasCorrection_v1\levelset_segmentation_biasCorrection.pdf
     文件        3246  2012-11-29 22:56  11-levelset_segmentation_biasCorrection_v1\lse_bfe.m
     文件        3621  2013-08-27 17:26  11-levelset_segmentation_biasCorrection_v1\lse_bfe_3Phase.asv
     文件        3621  2013-08-27 17:29  11-levelset_segmentation_biasCorrection_v1\lse_bfe_3Phase.m
     文件       36682  2007-10-31 16:21  11-levelset_segmentation_biasCorrection_v1\myBrain_axial.bmp
     文件         164  2012-11-06 10:18  11-levelset_segmentation_biasCorrection_v1\normalize01.m
     文件       25102  2013-10-09 13:14  11-levelset_segmentation_biasCorrection_v1\XXI870_0001.bmp