双聚类（Bi-clustering）Matlab工具箱

双聚类算法 , 解决了传统聚类在对高维数据时遇到的瓶颈问题；文件包含了最常用的CC，FLOC，BiMax，OPSM，Plaid，SAMBA，xMOTIFs，LAS，Spectral CoClustering (Biclustering) 等多种双聚类代码，并注有代码对应的文献。

function v = additiveVariance（x resultSet number dimension）
% Preliminary measure of additive coherence of a bicluster
%
% S. C. Madeira A. L. Oliveira
% Biclustering algorithms for biological data analysis: a survey.
% IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform. 2004 Jan-Mar ;1（1）:24-45.
%
% Inputs 
%   x         - The data matrix from which biclusters were identified
%   resultSet - The bicluster result calculated from the data matrix
%   number    - The number（index） of bicluster within the result.
%   dimension - ‘both‘: overall variance
%               ‘row‘ : row variance
%               ‘col‘ : column variance
%
% Output
%   v   - Corresponding variance of genes/conditions as the average of the
%   sum of euclidean distances between all rows and/or columns of the
%   bicluster.
%
% See Also: dif
% Author: Jayesh Kumar Gupta 2013.
%
% Contact: Jayesh Kumar Gupta http://home.iitk.ac.in/~jayeshkg
%          Indian Institute of Technology Kanpur India

if nargin<4
  dimension = ‘both‘;
end

rows = resultSet.Clust（number）.rows;
cols = resultSet.Clust（number）.cols;

A = x（rowscols）;

if strcmp（dimension both）
  rv = variance（dif（A2））;
  cv = variance（dif（A）2）;
  [n m] = size（A）;
  
  v = （n.*rv+m.*cv）./（n+m）;
else
  if strcmp（dimension ‘row‘） v = variance（dif（A2）2）;  % Same as Matlab way
  elseif strcmp（dimension ‘col‘） v = variance（dif（A）1）;
  end
end
end

 属性            大小     日期    时间   名称
----------- ---------  ---------- -----  ----

     文件         43  2013-10-01 19:14  双聚类matlab工具箱，win和nix\mtba_nix\.git\COMMIT_EDITMSG

     文件        311  2013-05-23 09:56  双聚类matlab工具箱，win和nix\mtba_nix\.git\config

     文件         73  2013-05-11 16:21  双聚类matlab工具箱，win和nix\mtba_nix\.git\description

     文件        134  2013-07-11 14:32  双聚类matlab工具箱，win和nix\mtba_nix\.git\FETCH_HEAD

     文件         23  2013-05-13 18:06  双聚类matlab工具箱，win和nix\mtba_nix\.git\HEAD

     文件        452  2013-05-11 16:21  双聚类matlab工具箱，win和nix\mtba_nix\.git\hooks\applypatch-msg.sample

     文件        896  2013-05-11 16:21  双聚类matlab工具箱，win和nix\mtba_nix\.git\hooks\commit-msg.sample

     文件        189  2013-05-11 16:21  双聚类matlab工具箱，win和nix\mtba_nix\.git\hooks\post-update.sample

     文件        398  2013-05-11 16:21  双聚类matlab工具箱，win和nix\mtba_nix\.git\hooks\pre-applypatch.sample

     文件       1704  2013-05-11 16:21  双聚类matlab工具箱，win和nix\mtba_nix\.git\hooks\pre-commit.sample

     文件       1348  2013-05-11 16:21  双聚类matlab工具箱，win和nix\mtba_nix\.git\hooks\pre-push.sample

     文件       4951  2013-05-11 16:21  双聚类matlab工具箱，win和nix\mtba_nix\.git\hooks\pre-rebase.sample

     文件       1239  2013-05-11 16:21  双聚类matlab工具箱，win和nix\mtba_nix\.git\hooks\prepare-commit-msg.sample

     文件       3611  2013-05-11 16:21  双聚类matlab工具箱，win和nix\mtba_nix\.git\hooks\update.sample

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     文件        240  2013-05-11 16:21  双聚类matlab工具箱，win和nix\mtba_nix\.git\info\exclude

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     文件      33998  2013-10-01 19:14  双聚类matlab工具箱，win和nix\mtba_nix\.git\logs\refs\heads\master

     文件      10280  2013-10-01 19:14  双聚类matlab工具箱，win和nix\mtba_nix\.git\logs\refs\remotes\origin\master

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     文件       1452  2013-06-04 12:50  双聚类matlab工具箱，win和nix\mtba_nix\.git\objects\03\1fcd18179e150b03019fb14da46076dc63beb3

     文件        202  2013-05-16 17:46  双聚类matlab工具箱，win和nix\mtba_nix\.git\objects\03\4723aba1d4c0dec056d8de4d5d740c325991ef

     文件        710  2013-05-27 13:32  双聚类matlab工具箱，win和nix\mtba_nix\.git\objects\03\68081186228c47508c2f1ebbd235cd1e1bb421

     文件       1937  2013-07-11 09:56  双聚类matlab工具箱，win和nix\mtba_nix\.git\objects\03\7184f6b0e3575fac9344320bfe610d95d8f515

     文件       1392  2013-06-18 18:02  双聚类matlab工具箱，win和nix\mtba_nix\.git\objects\03\94b1de7d4249374b7b97b06984f5b69f4f5886

     文件        557  2013-06-17 16:25  双聚类matlab工具箱，win和nix\mtba_nix\.git\objects\03\bf53554fc02da1d37302d0d1bacf46c7eb1386

............此处省略2464个文件信息