重启随机游走算法

重启随机游走算法，带有小例子。

“““
Main script for running tissue-specific graph walk experiments to convergence.

“““
import sys
import argparse
from walker import Walker

def generate_seed_list（seed_file）:
    “““ Read seed file into a list. “““
    seed_list = []

    try:
        fp = open（seed_file “r“）
    except IOError:
        sys.exit（“Error opening file {}“.format（seed_file））

    for line in fp.readlines（）:
        info = line.rstrip（）.split（）
        if len（info） > 1:
            seed_list.append（info[1]）
        else:
            seed_list.append（info[0]）

    fp.close（）
    return seed_list

def get_node_list（node_file）:
    node_list = []
    try:
        fp = open（node_file ‘r‘）
    except IOError:
        sys.exit（‘Could not open file: {}‘.format（node_file））

    # read the first （i.e. largest） connected component
    cur_line = fp.readline（）
    while cur_line and not cur_line.isspace（）:
        if cur_line:
            node_list.append（cur_line.rstrip（））
        cur_line = fp.readline（）

    fp.close（）
    return node_list

def main（argv）:

    # set up argument parsing
    parser = argparse.ArgumentParser（）
    parser.add_argument（‘input_graph‘ help=‘Original graph input file in\
                                             edge list format‘）
    parser.add_argument（‘seed‘ help=‘Seed file to pull start nodes from‘）
    parser.add_argument（‘-e‘ ‘--restart_prob‘ type=float default=0.7
                        help=‘Restart probability for random walk‘）
    parser.add_argument（‘-l‘ ‘--low_list‘ nargs=‘?‘ default=None
                        help=‘ List of genes expressed and\
                              unexpressed in the current tissue if applicable‘）
    parser.add_argument（‘-n‘ ‘--node_list‘ nargs=‘?‘ default=None
                        help=‘ Order of output probs‘）
    parser.add_argument（‘-o‘ ‘--original_graph_prob‘ type=float default=0.1
                        help=‘Probability of walking on the original （non-\
                              tissue specific） graph if applicable‘）
    parser.add_argument（‘-r‘ ‘--remove‘ nargs=‘+‘
                        help=‘ Nodes to remove from the graph if any‘）
    opts = parser.parse_args（）

    seed_list = generate_seed_list（opts.seed）
    node_list = get_node_list（opts.node_list） if opts.node_list else []

    # filter nodes we want to remove out of the starting seed if any
    remove_list = opts.remove if opts.remove else []
    if remove_list:
        seed_list = [s for s in seed_list if s not in remove_list]

    # run the experiments and write a rank list to stdout
    wk = Walker（opts.input_graph opts.low_list remove_list）
    wk.run_exp（seed_list opts.restart_prob
               opts.original_graph_prob node_list）


if __name__ == ‘__main__‘:
    main（sys.argv）

 属性            大小     日期    时间   名称
----------- ---------  ---------- -----  ----
     目录           0  2018-09-04 14:59  Walker-master\
     文件           6  2018-09-04 14:59  Walker-master\.gitignore
     文件        1061  2018-09-04 14:59  Walker-master\LICENCE
     文件        2147  2018-09-04 14:59  Walker-master\README.md
     文件        2820  2018-09-04 14:59  Walker-master\run_walker.py
     目录           0  2018-09-04 14:59  Walker-master\scripts\
     文件         533  2018-09-04 14:59  Walker-master\scripts\build_matrix.py
     文件        3900  2018-09-04 14:59  Walker-master\scripts\generate_difference.py
     文件        2834  2018-09-04 14:59  Walker-master\scripts\generate_rankings.py
     文件         814  2018-09-04 14:59  Walker-master\scripts\generate_seeds.py
     文件         814  2018-09-04 14:59  Walker-master\scripts\remove_source.py
     文件        1758  2018-09-04 14:59  Walker-master\scripts\shared_functions.py
     文件         569  2018-09-04 14:59  Walker-master\scripts\transform_matrix.py
     目录           0  2018-09-04 14:59  Walker-master\testdata\
     文件          29  2018-09-04 14:59  Walker-master\testdata\test_low_list.txt
     文件          48  2018-09-04 14:59  Walker-master\testdata\test_network.ppi
     文件           4  2018-09-04 14:59  Walker-master\testdata\test_seed.txt
     文件        8543  2018-09-04 14:59  Walker-master\walker.py