sentieon软件

#!/usr/bin/env python
# vim: ts=4 sw=4 expandtab

import getopt
import os os.path
import sys subprocess
import tempfile math

_install_dir = os.path.realpath（os.path.join（os.path.dirname（__file__） ‘..‘））
_install_dir = os.environ.get（‘SENTIEON_INSTALL_DIR‘ _install_dir）
_paths = { ‘gnuplot.sh‘: ‘gnuplot.sh‘ }

for kf in _paths.items（）:
    for d in （‘bin‘ ‘libexec‘）:
        p = os.path.join（os.path.join（_install_dir d） f）
        if os.path.exists（p）:
            _paths[k] = p
            break

def is_number（s）:
    try:
        float（s）
        return True
    except ValueError:
        return False

# output to pdf
class GPWriter:
    def __init__（self out_gp output kwargs）:
        self.gpf = open（out_gp ‘w‘）
        self.pagenum = 1
        self.output = output
        self.output_format = kwargs.get（‘output_format‘ ‘pdf‘）
        if self.output_format == ‘png‘:
            self.gpf.write（‘set terminal pngcairo size 12in 8in enhanced\n‘）
        else:
            self.gpf.write（‘set terminal pdf size 10in 7.5in enhanced\n‘）
            self.gpf.write（‘set output \“%s\“\n‘ % self.getOutput（））
        self.tmpdir = kwargs.get（‘tmpdir‘ ‘/tmp‘）
        self.tmpfiles = []
        self.enableLogo = kwargs.get（‘logo‘ ‘true‘） == ‘true‘
        self.logoOn = False
    def getOutput（self）:
        if self.output_format == ‘png‘:
            return ‘%s-%02d.png‘%（self.output self.pagenum）
        else:
            return self.output
    def resetOutput（self）:
        if self.output_format == ‘png‘:
            self.gpf.write（‘set output \“%s\“\n‘ % self.getOutput（））
        self.pagenum += 1        
    # print log only once per page for multiplot
    # need turn off after the first graph for multiplot
    def printLogo（self）:
        if not self.enableLogo:
            return
        self.gpf.write（‘set label 1 “powered by Sentieon^{/*0.75 TM}“ at screen 0.980.01 right font “sans10“ tc rgb “#00008B“\n‘） #darkblue
        self.logoOn = True

    def unprintLogo（self）:
        if self.logoOn:
            self.gpf.write（‘unset label 1\n‘）
        self.logoOn = False
    def setScreenMargin（self）:
        self.gpf.write（‘set lmargin at screen 0.1\nset rmargin at screen 0.9\nset bmargin at screen 0.1\nset tmargin at screen 0.9\n‘）
    def close（self）:
        self.gpf.close（）

    def clean（self）:
        for a in self.tmpfiles:
            try:
                os.remove（a）
            except OSError:
                pass

    def check_plot_file（self what key v）:
        found = False
        linenum = 0
        with open（v） as f:
            for line in f:
                linenum = linenum + 1
                if not found:
                    if line.startswith（key）:
                        found = True
                        break
        if linenum > 0 and not found:
            raise Exception（“Incorrect %s plot file %s“%（what v））
        return found

def sharedLabelConvention（xlabel ylabel k n direction）:
    if n == 1