BWT完整算法

BWT的完整算法，包括SA，Occ等数组的建立。用于在基因链中快速匹配基因。

#include “Header.h“
clock_t t1 t2;
int main（）
{
	Suffix_Arr SA;
	if（SA.read（）==0）
	{
	    cout<<“Creating Please wait !“<	    SA.Init_SA（）;
        SA.Create_SA（）;
        SA.Get_SA（）;
        SA.Get_BWT（）;
        SA.Get_Num（）;
        SA.Get_SISA（）;
        SA.Print（）;
	}
    cout<<“Successful!“<    char sp[200]tmp[200]cp[200];
    char fsp[200]fcp[200];
    ifstream test（“R2.fq“）;
    t1=clock（）;
    while（ test>>tmp）
    {
        test>>sp;
        test>>tmp;
        test>>tmp;
        int nn=strlen（sp）;
         for（int i=0;i        {
            if（sp[i]==‘A‘）
                cp[i]=‘T‘;
            else if（sp[i]==‘C‘）
                cp[i]=‘G‘;
            else if（sp[i]==‘G‘）
                cp[i]=‘C‘;
            else if（sp[i]==‘T‘）
                cp[i]=‘A‘;
        }

        for（int i=0;i        {
            //fsp[nn-1-i]=sp[i];
            fcp[nn-1-i]=cp[i];
        }
        SA.Search（sp）;
        //SA.Search（cp）;
        //SA.Search（fsp）;
        SA.Search（fcp）;
        result<    }
    test.close（）;
    t2=clock（）;
    cout<<（double）（t2-t1）/CLOCKS_PER_SEC<	return 0;
}

 属性            大小     日期    时间   名称
----------- ---------  ---------- -----  ----
     目录           0  2014-05-10 05:41  BWT\
     文件     4542697  2014-05-04 23:17  BWT\Occ.txt
     文件     1354139  2014-05-04 23:17  BWT\SimpleSA.txt
     文件        6924  2014-05-09 11:39  BWT\Header.h
     文件      220273  2014-05-10 05:40  BWT\result.txt
     文件         228  2014-05-10 05:40  BWT\BWT.depend
     文件        1138  2014-04-17 03:52  BWT\BWT.cbp
     文件     5009545  2013-03-08 16:06  BWT\NC_008253.fna
     文件        1206  2014-05-10 05:35  BWT\main.cpp
     文件         636  2014-05-10 05:41  BWT\BWT.layout
     文件     1043421  2014-05-09 03:02  BWT\R2.fq
     文件     4938921  2014-05-04 23:17  BWT\BWT.txt
     文件     1043421  2014-05-09 03:02  BWT\R1.fq
     目录           0  2014-04-17 03:48  BWT\bin\
     目录           0  2014-04-17 03:48  BWT\obj\
     目录           0  2014-05-10 05:35  BWT\bin\Debug\
     文件      987885  2014-05-10 05:35  BWT\bin\Debug\BWT.exe
     目录           0  2014-05-10 05:35  BWT\obj\Debug\
     文件       42802  2014-05-10 05:35  BWT\obj\Debug\main.o