计算机辅助分子设计_徐筱杰_侯廷军

第一部分介绍了计算机辅助药物设计的发展概况与计算 机辅助药物分子设计有关的统计和理论计算方法，包括数值和非数值优化方法、 分子力学方法、分子动力学方法、构象分析方法、溶剂效应以及自由能计算方 法;第二部分介绍了计算机辅助药物分子设计中的主要方法，包括构效关系方 法、药效团模型方法、从头设计方法、分子对接方法、数据库搜索方法、药代 动力学以及毒性的预测方法;第三部分则选择了两个具体的实例，介绍了计算 机辅助药物分子设计方法在药物先导化合物发现和优化方面的应用。附录一和 附录二则简要介绍了 CADD 方法中几个常用的概念及列出了 CADD 中常用的软 件和程序。在介绍 CADD 方法和应用的基础上，本书还用了大量篇幅介绍 CADD中涉及的相关理论和计算方法，这部分内容涉及了较多的线性代数、高 等数学、分析力学、统计力学以及量子力学等学科的相关内容。这些理论计算 方法在CADD中应用非常广泛或是某些CADD方法的重要组成部分，对其系统 的了解可以帮助读者更加深入地理解后续章节中介绍的 CADD 方法。当然，这 几章的内容也具有相对的独立性，读者完全可以跳过这部分内容而直接阅读 CADD方法和应用的相关章节。本书没有单独分出章节介绍量子化学方法，主 要原因是这部分涉及的内容非常广泛，在很小的篇幅内很难对其做出系统及有 效的阐述，此外，国内外关于这方面的专著也很多，有需要的作者可以参考有 关的著作。本书力求介绍 CADD 方法研究和应用领域的最新进展，但 CADD 是 国际上非常活跃的研究领域，发展速度很快，涉及的内容非常广泛，加上作者 学识有限，在写作的过程难免有遗漏和错误，恳请读者批评和指正。 本书的第一章由徐筱杰教授执笔，第二章~第三章由乔学斌博士执笔，第 四章由侯廷军博士和章威执笔，第五章~第六章由章威和侯廷军博士执笔，第 七章~第十三章由侯廷军博士执笔，第十四章由侯廷军博士和乔学斌博士执笔， 第十五章~第十六章由侯廷军博士执笔，附录由侯廷军博士、乔学斌博士和章 威共同完成。最后全书由徐筱杰教授和侯廷军博士修改定稿。 本书是徐筱杰教授课题组多年研究工作的结晶，是组里一届又一届本科生、 研究生研究工作的经验总结和积累。多年来我们的工作得到国内同行们的许多 支持与帮助，也得到养生堂药业有限公司、创腾科技有限公司及凯鹏公司的大 力支持与帮助。作者特向他们致以衷心的感谢。书中引用了大量国内外同行发 表的一些宝贵资料，在此一并致谢。