计算N50的python脚本

文件用于计算fasta文件中基因序列的N50、基因条数、最短最长的序列条数。将脚本文件拷贝至fasta文件目录下，使用方法：python cal_N50.py 跳出“Enter your fasta/fa name: ”后，输入你当前目录下的fasta文件名后回车即可

#GC_N50.py
print ‘Python and Biopython needed for running this script!‘
print “script for calculating N50 of assembly“
fasta = raw_input（‘Enter your fasta/fa name: ‘）
# N50 calculation
baseSumLength= 0[]
ValueSumN50 = 00
no_cno_gno_ano_tno_n = 00000
from Bio import SeqIO
for record in SeqIO.parse（open（fasta） “fasta“）:
   baseSum += len（record.seq）
   Length.append（len（record.seq））
   seq =record.seq.lower（）
   no_c+=seq.count