医学图像处理MRI脑仿真库BrainWeb

医学图像处理MRI脑仿真库BrainWeb，mnc格式文件的读取代码。

function [imaVOLscaninfo] = loadminc（filename）
%function [imaVOLscaninfo] = loadminc（filename）
%
% Function to load minc format input file. 
% This function use the netcdf MATLAB utility
%
% Matlab library function for MIA_gui utility. 
% University of Debrecen PET Center/LB 2010
if nargin == 0
     [FileName FilePath] = uigetfile（‘*.mnc‘‘Select minc file‘）;
     filename = [FilePathFileName];
     if FileName == 0;
          imaVOL = [];scaninfo = [];
          return;
     end
end

ncid=netcdf.open（filename‘NC_NOWRITE‘）;
scaninfo.filename = filename;

%[ndims nvars natts dimm] = netcdf.inq（ncid）;
%[varname xtype dimids atts] = netcdf.inqVar（ncidnetcdf.inqVarID（ncid‘xspace‘））;
% for i=1:atts
%attname = netcdf.inqattname（ncidnetcdf.inqVarID（ncidvarname）i-1）
%attval = netcdf.getAtt（ncidnetcdf.inqVarID（ncidvarname）attname）
%end%

pixsizex = netcdf.getAtt（ncidnetcdf.inqVarID（ncid‘xspace‘）‘step‘）;
pixsizey = netcdf.getAtt（ncidnetcdf.inqVarID（ncid‘yspace‘）‘step‘）;
pixsizez = netcdf.getAtt（ncidnetcdf.inqVarID（ncid‘zspace‘）‘step‘）;
x_start = netcdf.getAtt（ncidnetcdf.inqVarID（ncid‘xspace‘）‘start‘）;
if isempty（x_start）
    x_start = 0;
end
y_start = netcdf.getAtt（ncidnetcdf.inqVarID（ncid‘yspace‘）‘start‘）;
if isempty（y_start）
    y_start = 0;
end
z_start = netcdf.getAtt（ncidnetcdf.inqVarID（ncid‘zspace‘）‘start‘）;
if isempty（z_start）
    z_start = 0;
end

scaninfo.pixsize = abs（[pixsizex pixsizey pixsizez]）; % abs: Strange could happen
scaninfo.space_start = （[x_start y_start z_start]）;

varid = netcdf.inqVarID（ncid‘image-max‘）;
slice_max = netcdf.getVar（ncidvarid‘float‘）;
scaninfo.mag = slice_max;
maxx = max（slice_max（:））;
if maxx == round（maxx）
   precision = ‘short‘;
   scaninfo.float = 0;
else
   precision = ‘float‘;
   scaninfo.float = 1;
end


varid = netcdf.inqVarID（ncid‘image‘）;
volume = netcdf.getVar（ncidvaridprecision）;

varid = netcdf.inqVarID（ncid‘image-min‘）;
slice_min = netcdf.getVar（ncidvaridprecision）;
scaninfo.min = slice_min;
scaninfo.num_of_slice  = size（volume3）;

netcdf.close（ncid）;

volume = double（volume）;
imsize = size（volume）;
% permute the slice image dim. This is for the permut command in thex for
% loop
imaVOL = zeros（imsize（[213]））;
slice_min = double（slice_min）;
slice_max = double（slice_max）;

if length（slice_min） >1 % ha minden slice-hoz el van t醨olva a max-min 閞t閗 
    for i=1: size（volume3）
        currentslice = volume（::i）;
        imaVOL（::i） = permute（ （（currentslice - min（currentslice（:））） / （ max（currentslice（:））- min（currentslice（:）） ）...
            *（slice_max（i）- slice_min（i））） - slice_min（i）[2 1]）;
    end
else
    imaVOL = permute（ （ （volume - min（volume（:））） / （ max（volume（:））- min（volume（:）） ）*...
        （（slice_max- slice_min））） - slice_min[2 1 3]）;
end
if strcmp（precision‘short‘）
    imaVOL = int32（imaVOL）;
end

scaninfo.imfm = [size（volume1） size（volume2）];
sca

 属性            大小     日期    时间   名称
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     文件       3182  2014-02-12 13:35  loadminc.m

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