影像组学工具包

影像组学是医学影像处理领域针对实体肿瘤分析提出的新的方法，科研正热，看标题自然清楚，影像组学工具包Radiomics

function [coeffrespmodelCIcoeff_boot] = computeModelCoefficients（XYimbalancebatchNum）
% -------------------------------------------------------------------------
% function [coeffrespmodelCI] = computeModelCoefficients（XYimbalancebatchNum）
% -------------------------------------------------------------------------
% DEscriptION: 
% This function computes the final model logistic regression coefficients 
% using bootstrap resampling and it associated multivariable model 
% response and bootstrap confidence intervals. See ref. [1] for more 
% details. This function uses logistic regression utilities from DREES 
%  as well as a rounding function written by 
% Francois Beauducel available at: 
% 
% -------------------------------------------------------------------------
% REFERENCE:
% [1] Vallieres M. et al. （2015）. A radiomics model from joint FDG-PET and 
%     MRI texture features for the prediction of lung metastases in soft-tissue 
%     sarcomas of the extremities. Physics in Medicine and Biology 60（14） 
%     5471-5496. doi:10.1088/0031-9155/60/14/5471
% [2] Vallieres M. et al. （2015）.
% -------------------------------------------------------------------------
% INPUTS:
% - X: Matrix of size [nInst X nFeat] specifying the numerical data of the 
%      features of the input features where ‘nInst‘ refers to the number 
%      of instances in X and ‘nFeat‘ to the number of features in X. 
%      Each column is a different feature.
% - Y: Column vector of size [nInst X 1] specifying the outcome status 
%      （1 or 0） for all instances.
% - imbalance: String specifying the type of imbalance-adjustement strategy
%              employed. Either ‘IABR‘ for imbalance-adjusted bootstrap
%              resampling （see ref.[1]） or ‘IALR‘ for imbalance-adjusted
%              logistic regression （see ref.[2]）.
% - batchNum: （optional input）. If present integer that specifies the
%             batch number for parallelization purposes.
% -------------------------------------------------------------------------
% OUTPUTS:
% - coeff: Column vector of size [nCoeff+1 X 1] specifying the final 
%          logistic regression coefficients. Last entry specify the offset
%          of the model.
% - resp: Column vector of size [nInst X 1] specifying the linear 
%         multivariable model response when ‘coeff‘ is applied to ‘X‘.
% - modelCI: Column vector of size [nInst X 2] specifying the 95%
%            confidence interval on the multivariable model response as
%            defined by the 2.5 （modelCI（i1）） and the 97.5 （modelCI（i2））
%            percentiles for the ith instance. See ref. [1] for more 
%            details.
% - coeff_boot: Array of size [nCoeff X 1000] where 1000 is the number of 
%               bootstrap samples used to calculate the mean coefficients 
%               （‘coeff‘ output #1）. Each column

 属性            大小     日期    时间   名称
----------- ---------  ---------- -----  ----
     目录           0  2016-10-13 21:08  radiomics-master\
     文件         802  2016-10-13 21:08  radiomics-master\COPYRIGHT
     目录           0  2016-10-13 21:08  radiomics-master\MultivariableModeling\
     目录           0  2016-10-13 21:08  radiomics-master\MultivariableModeling\Bootstrapping\
     文件        4739  2016-10-13 21:08  radiomics-master\MultivariableModeling\Bootstrapping\buildBootSet.m
     文件        2359  2016-10-13 21:08  radiomics-master\MultivariableModeling\Bootstrapping\findBootTestSet.m
     目录           0  2016-10-13 21:08  radiomics-master\MultivariableModeling\LogisticRegression\
     文件         768  2016-10-13 21:08  radiomics-master\MultivariableModeling\LogisticRegression\COPYRIGHT
     文件         423  2016-10-13 21:08  radiomics-master\MultivariableModeling\LogisticRegression\README
     文件        2562  2016-10-13 21:08  radiomics-master\MultivariableModeling\LogisticRegression\applyStandardLR.m
     文件        1795  2016-10-13 21:08  radiomics-master\MultivariableModeling\LogisticRegression\drxlr_apply_logistic_regression.m
     文件        1273  2016-10-13 21:08  radiomics-master\MultivariableModeling\LogisticRegression\drxlr_binomial_variance.m
     文件        1269  2016-10-13 21:08  radiomics-master\MultivariableModeling\LogisticRegression\drxlr_d_logit.m
     文件        1424  2016-10-13 21:08  radiomics-master\MultivariableModeling\LogisticRegression\drxlr_get_lrt.m
     文件        1326  2016-10-13 21:08  radiomics-master\MultivariableModeling\LogisticRegression\drxlr_get_p_gaussian.m
     文件        1264  2016-10-13 21:08  radiomics-master\MultivariableModeling\LogisticRegression\drxlr_invlogit.m
     文件        2880  2016-10-13 21:08  radiomics-master\MultivariableModeling\LogisticRegression\drxlr_logistic_regression.m
     文件        1248  2016-10-13 21:08  radiomics-master\MultivariableModeling\LogisticRegression\drxlr_rlogit.m
     文件        1417  2016-10-13 21:08  radiomics-master\MultivariableModeling\LogisticRegression\drxlr_wfit.m
     文件        2609  2016-10-13 21:08  radiomics-master\MultivariableModeling\LogisticRegression\responseLR.m
     目录           0  2016-10-13 21:08  radiomics-master\MultivariableModeling\MINE\
     文件       45482  2016-10-13 21:08  radiomics-master\MultivariableModeling\MINE\MINE.jar
     文件         154  2016-10-13 21:08  radiomics-master\MultivariableModeling\MINE\README
     文件        3743  2016-10-13 21:08  radiomics-master\MultivariableModeling\MINE\applyMIC.m
     文件        2293  2016-10-13 21:08  radiomics-master\MultivariableModeling\MINE\findMINE.m
     文件         258  2016-10-13 21:08  radiomics-master\MultivariableModeling\MINE\license.txt
     目录           0  2016-10-13 21:08  radiomics-master\MultivariableModeling\Utilities\
     文件        4885  2016-10-13 21:08  radiomics-master\MultivariableModeling\Utilities\calcPerformMetrics.m
     目录           0  2016-10-13 21:08  radiomics-master\MultivariableModeling\Utilities\fastAUC\
     文件         718  2016-10-13 21:08  radiomics-master\MultivariableModeling\Utilities\fastAUC\README
     文件        3927  2016-10-13 21:08  radiomics-master\MultivariableModeling\Utilities\fastAUC\compileFastAUC.m
............此处省略117个文件信息