计算N50的python脚本.zip

文件用于计算fasta文件中基因序列的N50、基因条数、最短最长的序列条数。将脚本文件拷贝至fasta文件目录下，使用方法：python cal_N50.py 跳出“Enter your fasta/fa name: ”后，输入你当前目录下的fasta文件名后回车即可

#GC_N50.py
print ‘Python and Biopython needed for running this script!‘
print “script for calculating N50 of assembly“
fasta = raw_input（‘Enter your fasta/fa name: ‘）
# N50 calculation
baseSumLength= 0[]
ValueSumN50 = 00
no_cno_gno_ano_tno_n = 00000
from Bio import SeqIO
for record in SeqIO.parse（open（fasta） “fasta“）:
   baseSum += len（record.seq）
   Length.append（len（record.seq））
   seq =record.seq.lower（）
   no_c+=seq.count（‘c‘）
   no_g+=seq.count（‘g‘）
   no_a+=seq.count（‘a‘）
   no_t+=seq.count（‘t‘）
   no_n+=seq.count（‘n‘）
#N50 calcuation
N50_pos = baseSum / 2.0    
Length.sort（）
Length.reverse（）    
for value in Length:
   ValueSum += value
   if N50_pos <= ValueSum:
       N50 = value
       break  
print ‘Sequences NO.:‘+‘t‘+str（len（Length））
print ‘Sequences Min.:‘+‘t‘+str（min（Length））
print ‘Sequences Max.:‘+‘t‘+str（max（Length））
print ‘N50: ‘ + str（N50）

 属性            大小     日期    时间   名称
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     文件         278  2020-11-17 08:48  浣跨敤鏂规硶.txt
     目录           0  2020-11-17 08:48  __MACOSX\
     文件         210  2020-11-17 08:48  __MACOSX\._浣跨敤鏂规硶.txt
     文件         885  2020-11-16 23:52  璁＄畻N50鐨刾ython鑴氭湰.py
     文件         613  2020-11-16 23:52  __MACOSX\._璁＄畻N50鐨刾ython鑴氭湰.py