LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master.zip

这是一个python的肺结节分割代码，是我最近修改过的代码，希望给初学者提供参考，为大家提供思路。欢迎大家下载参考。希望可以给大家帮助

#-*-coding:utf-8-*-

import numpy as np
import os
import math


def padding_patch（nodule_arr label_arr cube_size_xy=64 cube_size_z=32）:
    nodule_64_arr = np.ones（（cube_size_z cube_size_xy cube_size_xy） dtype=np.float32）
    nodule_64_arr *= -1000.0
    label_64_arr = np.zeros（（cube_size_z cube_size_xy cube_size_xy） dtype=np.float32）
    #nodule_arr = normalization（nodule_arr）

    origin_shape = nodule_arr.shape
    padding_z = （cube_size_z - origin_shape[0]）/2
    padding_y = （cube_size_xy - origin_shape[1]）/2
    padding_x = （cube_size_xy - origin_shape[2]）/2

    edge_z_min = math.floor（padding_z）
    edge_z_max = edge_z_min + origin_shape[0]
    edge_y_min = math.floor（padding_y）
    edge_y_max = edge_y_min + origin_shape[1]
    edge_x_min = math.floor（padding_x）
    edge_x_max = edge_x_min + origin_shape[2]
    print（[edge_z_min edge_z_max edge_y_min edge_y_max edge_x_min edge_x_max]）

    nodule_64_arr[edge_z_min:edge_z_max edge_y_min:edge_y_max edge_x_min:edge_x_max] = nodule_arr
    label_64_arr[edge_z_min:edge_z_max edge_y_min:edge_y_max edge_x_min:edge_x_max] = label_arr

    return nodule_64_arr label_64_arr


def normalization（nodule_arr max_val = 600.0 min_val = -1000.0）:
    nodule_arr = nodule_arr.astype（“float32“）
    nodule_arr = （nodule_arr - min_val） / （max_val - min_val）
    nodule_arr = np.clip（nodule_arr 0 1）

    return nodule_arr


if __name__ == ‘__main__‘:
    lidc_path = “E:/LIDC-IDRI/“
    origin_path = os.path.join（lidc_path “four_radiologist_samples/“）
    padding_path = os.path.join（lidc_path “lidc_padding_samples/“）
    origin_sample_path = os.path.join（origin_path “sample/“）
    origin_label_path = os.path.join（origin_path “label/“）
    padding_sample_path = os.path.join（padding_path “sample/“）
    padding_label_path = os.path.join（padding_path “label/“）

    nodule_list = os.listdir（origin_sample_path）
    for nodule_file in nodule_list:
        lidc_id = nodule_file.split（“_“）[0]
        nodule_id = nodule_file.split（“_“）[2]
        label_file = lidc_id + “_label_“ + nodule_id
        nodule_arr = np.load（os.path.join（origin_sample_path nodule_file））
        label_arr = np.load（os.path.join（origin_label_path label_file））
        label_arr = label_arr.astype（“float32“）
        if nodule_arr.shape[0] <=32 and max（nodule_arr.shape[1] nodule_arr.shape[2]） <= 64:
            nodule_64_arr label_64_arr = padding_patch（nodule_arr label_arr）
            assert nodule_64_arr.shape == label_64_arr.shape
            #print（nodule_64_arr.shape）
            np.save（os.path.join（padding_sample_path nodule_file） nodule_64_arr）
            np.save（os.path.join（padding_label_path label_file） label_64_arr）

 属性            大小     日期    时间   名称
----------- ---------  ---------- -----  ----
     目录           0  2018-03-27 02:48  LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master\
     文件          31  2018-03-27 02:48  LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master\README.md
     目录           0  2018-03-27 02:48  LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master\dataset\
     目录           0  2018-03-27 02:48  LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master\dataset\__pycache__\
     文件        1872  2018-03-27 02:48  LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master\dataset\__pycache__\data_padding.cpython-36.pyc
     文件        7843  2018-03-27 02:48  LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master\dataset\__pycache__\data_process.cpython-36.pyc
     文件         729  2018-03-27 02:48  LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master\dataset\__pycache__\find_scans.cpython-36.pyc
     文件        1068  2018-03-27 02:48  LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master\dataset\__pycache__\plot_nodule.cpython-36.pyc
     文件        2776  2018-03-27 02:48  LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master\dataset\data_padding.py
     文件       11702  2018-03-27 02:48  LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master\dataset\data_process.py
     文件         958  2018-03-27 02:48  LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master\dataset\find_max_size.py
     文件         873  2018-03-27 02:48  LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master\dataset\find_scans.py
     文件         954  2018-03-27 02:48  LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master\dataset\padding_test.py
     文件        1160  2018-03-27 02:48  LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master\dataset\plot_nodule.py
     文件        1440  2018-03-27 02:48  LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master\dataset\result_process.py
     文件        1020  2018-03-27 02:48  LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master\dataset\sample_3d_lidc.py
     文件        1027  2018-03-27 02:48  LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master\dataset\seg_train_val.py
     目录           0  2018-03-27 02:48  LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master\model\
     文件      524368  2018-03-27 02:48  LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master\model\LIDC-IDRI-0001_label_0.npy
     文件      524368  2018-03-27 02:48  LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master\model\LIDC-IDRI-0001_sample_0.npy
     目录           0  2018-03-27 02:48  LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master\model\__pycache__\
     文件       10203  2018-03-27 02:48  LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master\model\__pycache__\model.cpython-36.pyc
     文件        1148  2018-03-27 02:48  LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master\model\__pycache__\utils.cpython-36.pyc
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     目录           0  2018-03-27 02:48  LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master\model\checkpoint\unet3d_layer3_cross_entropy\
     目录           0  2018-03-27 02:48  LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master\model\checkpoint\unet3d_layer3_cross_entropy\filter_size_333_epoch_5_v1\
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     文件        3063  2018-03-27 02:48  LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master\model\checkpoint\unet3d_layer3_cross_entropy\filter_size_333_epoch_5_v1\unet3d-2380.index
     文件     2257298  2018-03-27 02:48  LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master\model\checkpoint\unet3d_layer3_cross_entropy\filter_size_333_epoch_5_v1\unet3d-2380.meta
     文件        3063  2018-03-27 02:48  LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master\model\checkpoint\unet3d_layer3_cross_entropy\filter_size_333_epoch_5_v1\unet3d-2385.index
     文件     2257298  2018-03-27 02:48  LIDC-IDRI-nodule-segmentation-master\model\checkpoint\unet3d_layer3_cross_entropy\filter_size_333_epoch_5_v1\unet3d-2385.meta
............此处省略32个文件信息