Python-滑动窗口高分辨率显微镜图像分类框架

用于分类高分辨率全幻灯片图像的滑动窗框架，通常是显微镜或组织病理学图像

# DeepSlide
# Jason Wei Behnaz Abdollahi Saeed Hassanpour

#This splits the train val and test data.

import config
from utils import *

#main function
#note that we want the validation and test sets to be balanced
def split（all_wsi train_folder val_folder test_folder val_split test_split keep_orig_copy labels_train labels_val labels_test）:

	head = ‘cp‘ if keep_orig_copy else ‘mv‘ #based on whether we want to move or keep the files

	#create folders
	for folder in [train_folder val_folder test_folder]:
		subfolders = [join（folder _class） for _class in config.classes]
		for subfolder in subfolders:
			confirm_output_folder（subfolder） 

	train_img_to_label = {}
	val_img_to_label = {}
	test_img_to_label = {}

	#sort the images and move/copy them appropriately
	subfolder_paths = get_subfolder_paths（all_wsi）
	for subfolder in subfolder_paths:

		image_paths = get_image_paths（subfolder）
		assert len（image_paths） > val_split + test_split #make sure we have enough slides in each class

		#assign training test and val images
		test_idx = len（image_paths） - test_split
		val_idx = test_idx - val_split
		train_images = image_paths[:val_idx]
		val_images = image_paths[val_idx:test_idx]
		test_images = image_paths[test_idx:]
		print（‘class ‘+subfolder.split（‘/‘）[-1]+ ‘:‘ ‘#train=‘+str（len（train_images）） ‘#val=‘+str（len（val_images）） ‘#test=‘+str（len（test_images）））

		#move train
		for train_image in train_images:
			output_path = ‘/‘.join（[train_folder ‘/‘.join（train_image.split（‘/‘）[1:]）]）
			os.system（‘ ‘.join（[head train_image output_path]））
			img_name = train_image.split（‘/‘）[-1]
			img_class = train_image.split（‘/‘）[-2]
			train_img_to_label[img_name] = img_class
			#writer_train.write（img_name + ‘‘ + img_class + ‘\n‘）

		#move val
		for val_image in val_images:
			output_path = ‘/‘.join（[val_folder ‘/‘.join（val_image.split（‘/‘）[1:]）]）
			os.system（‘ ‘.join（[head val_image output_path]））
			img_name = val_image.split（‘/‘）[-1]
			img_class = val_image.split（‘/‘）[-2]
			val_img_to_label[img_name] = img_class
			#writer_val.write（img_name + ‘‘ + img_class + ‘\n‘）

		#move test
		for test_image in test_images:
			output_path = ‘/‘.join（[test_folder ‘/‘.join（test_image.split（‘/‘）[1:]）]）
			os.system（‘ ‘.join（[head test_image output_path]））
			img_name = test_image.split（‘/‘）[-1]
			img_class = test_image.split（‘/‘）[-2]
			test_img_to_label[img_name] = img_class
			#writer_test.write（img_name + ‘‘ + img_class + ‘\n‘）


	#for making the csv files
	writer_train = open（labels_train ‘w‘）
	writer_train.write（‘imggt\n‘）
	for img in sorted（train_img_to_label.keys（））:
		writer_train.write（img + ‘‘ + train_img_to_label[img] + ‘\n‘）

	writer_val = open（labels_val ‘w‘）
	writer_val.write（‘imggt\n‘）
	for img in sorted（val_img_to_label.keys（））:
		writer_val.write（img + ‘‘ + val_img_to_label[img] + ‘\n‘）

	writer_test = open（labels_test ‘w‘）
	writer_test.write（‘imggt\n‘）
	for img in sorted（test_img_to_label.keys（））:
		writer_test.writ

 属性            大小     日期    时间   名称
----------- ---------  ---------- -----  ----
     目录           0  2019-07-15 21:29  deepslide-master\
     文件          70  2019-07-15 21:29  deepslide-master\.gitignore
     文件       35149  2019-07-15 21:29  deepslide-master\LICENSE
     文件        7253  2019-07-15 21:29  deepslide-master\README.md
     目录           0  2019-07-15 21:29  deepslide-master\code\
     文件        3457  2019-07-15 21:29  deepslide-master\code\1_split.py
     文件         895  2019-07-15 21:29  deepslide-master\code\2_process_patches.py
     文件         736  2019-07-15 21:29  deepslide-master\code\3_train.py
     文件         655  2019-07-15 21:29  deepslide-master\code\4_test.py
     文件         430  2019-07-15 21:29  deepslide-master\code\5_grid_search.py
     文件         503  2019-07-15 21:29  deepslide-master\code\6_visualize.py
     文件         536  2019-07-15 21:29  deepslide-master\code\7_final_test.py
     文件        4468  2019-07-15 21:29  deepslide-master\code\config.py
     文件         245  2019-07-15 21:29  deepslide-master\code\run_all.sh
     文件        3100  2019-07-15 21:29  deepslide-master\code\utils.py
     文件        9329  2019-07-15 21:29  deepslide-master\code\utils_evaluation.py
     文件       16941  2019-07-15 21:29  deepslide-master\code\utils_model.py
     文件       10735  2019-07-15 21:29  deepslide-master\code\utils_processing.py
     目录           0  2019-07-15 21:29  deepslide-master\code\z_preprocessing\
     文件         689  2019-07-15 21:29  deepslide-master\code\z_preprocessing\1_rename_files.py
     文件        3535  2019-07-15 21:29  deepslide-master\code\z_preprocessing\2_svs_to_jpg_tiles.py
     文件        3224  2019-07-15 21:29  deepslide-master\code\z_preprocessing\3_repiece_jpg_tiles.py
     文件        3896  2019-07-15 21:29  deepslide-master\code\z_preprocessing\4_anonymize.py
     文件        1029  2019-07-15 21:29  deepslide-master\code\z_preprocessing\compress.sh
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