免疫遗传算法，matlab

MATLAB编写的免疫遗传算法，适合初学者，很好用的

function [wwincwinD] = abnet（agepscompalfabetapcpm）

%
% Ph.D. Thesis
% Leandro Nunes de Castro
% June 1999
% Pattern Recognition in the Immune System using a Growing SOM
% Bipolar Splitting/Pruning Self-Organizing Feature Map （GSOM）
% with Evolutionary Phase
% Main features: bipolar weights Hamming Distance Winner takes all
%                PHASE I: Growing followed by Pruning
%                PHASE II: Supervised Evolution
%
% function [wwincwinD] = hybrid（agepscompalfabetapcpm）
% w        -> weight matrix （Ab population）
% win      -> winner for each Ag （v）
% cwin     -> amount of winning of each individual （tau）
% D        -> hamming distance of each Ag with relation to its mapped class
% ag       -> antigen population to be recognized （n2xs2）
% eps      -> ball of stimulation
% comp     -> comparison: 1 for comparing complementary chains
%                         0 for comparing identical chains （Hamm. dist.）
% alfa     -> amount of bits to be changed
% beta     -> number of iterations for reducing the learning rate
%
% Auxiliar functions: COVER UPDATE SPLIT PRUNE MATCH CADEIA TESTGSOM
% The columns of w must be similar to each Ag
%

if nargin == 2
   [n2s2] = size（ag）;
   comp = 0;
   alfa = 3;
   beta = 3;
   pc = 0.6;
   pm = 0.1;
end;

% Network parameters
ep = 0; alfa0 = alfa; TD = 1;
[npni] = size（ag）; no = 1; vep = [0];
[Cmaxno] = cover（nieps）; vno = [1:1:no];
disp（sprintf（‘Coverage of each Ab: %d‘C））;
disp（sprintf（‘Initial number of classes: %d‘no））;
disp（sprintf（‘Possible number of classes: %d‘maxno））;
if maxno > np
   maxno = np; disp（sprintf（‘Maximum number of classes （N）: %d‘np））;
end;
% disp（sprintf（‘Affinity threshold: %d‘eps））;
disp（sprintf（‘Press any key to continue...‘））;
pause;
[w] = cadeia（nino001）;
max_ep = （beta + 1） * maxno;

% Network Definition
while （ep < max_ep & TD > 0）% & no < maxno）
   cwin = zeros（1no）; k = 0;
   vet = randperm（np）;			% Assincronous
   while k < np
      k = k+1; i = vet（k）; D = [];
      [DmXOR] = match（w‘ag（i:）comp）;
      [v（k）ind] = min（D）;
      cwin（ind） = cwin（ind） + 1;
      win（i） = ind;
      w = update（windalfamXOR（ind:）‘）;
   end;
   TD = sum（v）;
   ep = ep + 1;
   % Growing Phase
   if （rem（epbeta）==0）
      [wnoalfa] = split（cwinwinwagepsalfaalfa0）;
      vno = [vno no]; vep = [vep ep];
   end;
   % Pruning Phase
   [auxindmin] = min（cwin）;
   if aux == 0
      [wnoalfa] = prune（windminalfa0）;
      vno = [vno no];
   end;
   % Learning rate decreasing
   if （ep > 0.05*max_ep & rem（ep0.05*max_ep）==0）
      if alfa > 1
         alfa = alfa - 1;
      end;
   end;
   disp（sprintf（‘IT: %4.0d  no: %d  LR: %d	TD: %d‘epnoalfaTD））;
end;
[vwincwinperc] = testgsom（wageps）;
disp（sprintf（‘Percentage of misclassified Ag: %3.2f%%‘perc））;
disp（‘Minimal Antigenic Affinity （HD）‘）; disp（v）;
disp（‘Concentration Level: ‘）; disp（

 属性            大小     日期    时间   名称
----------- ---------  ---------- -----  ----

     文件       6383  2001-01-19 09:01  人工免疫系统\abnet.m

     文件        984  2000-04-24 11:58  人工免疫系统\ag.mat

     文件       3384  2000-06-02 01:26  人工免疫系统\ag1.mat

     文件       5413  2001-01-08 10:02  人工免疫系统\ainet.m

     文件       4917  2000-04-25 04:32  人工免疫系统\ANAL1.M

     文件       5095  2000-04-29 14:12  人工免疫系统\ANAL2.M

     文件       4234  2000-04-29 14:12  人工免疫系统\ANAL3.M

     文件       6634  2000-04-24 12:32  人工免疫系统\analysis.m

     文件       3723  1999-01-29 10:41  人工免疫系统\CLUSTER.M

     文件       3705  1999-01-29 10:41  人工免疫系统\clusterdata.m

     文件       1908  1999-01-29 10:41  人工免疫系统\COPHENET.M

     文件        584  2002-08-18 23:56  人工免疫系统\data.mat

     文件      13460  2000-04-25 04:13  人工免疫系统\dendro.m

     文件       4012  1999-01-29 10:41  人工免疫系统\dendrogram.m

     文件       2606  1999-01-29 10:18  人工免疫系统\DIST.M

     文件        782  2000-04-25 10:09  人工免疫系统\DONUTS.M

     文件      35200  2000-04-25 10:19  人工免疫系统\DONUTS1.M

     文件        414  2000-04-24 08:20  人工免疫系统\draw_abnet.m

     文件        857  2000-06-01 05:38  人工免疫系统\fuzzy_cluster.m

     文件       3769  2002-08-18 23:56  人工免疫系统\ga3d.m

     文件       2204  1999-01-29 10:18  人工免疫系统\HARDLIM.M

     文件       2251  1999-01-29 10:18  人工免疫系统\HARDLIMS.M

     文件       5209  2002-08-18 23:56  人工免疫系统\imalg3d.m

     文件       5087  2000-04-28 09:11  人工免疫系统\imalgchar.m

     文件       2052  1999-01-29 10:41  人工免疫系统\inconsistent.m

     文件       4706  1999-01-29 10:41  人工免疫系统\linkAGE.M

     文件        335  2000-06-01 05:36  人工免疫系统\norma.m

     文件       2232  1999-11-23 11:03  人工免疫系统\num8_12x10.mat

     文件       5781  2002-08-18 23:58  人工免疫系统\opt_d1.m

     文件       5436  2002-08-18 23:58  人工免疫系统\opt_d2.m

............此处省略13个文件信息