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    发布日期: 2021-06-02
  • 语言: Matlab
  • 标签: matlab  

资源简介

MATLAB编写的学习隐马尔科夫模型的程序

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代码片段和文件信息

function [converged decrease] = em_converged(loglik previous_loglik threshold check_increased)
% EM_CONVERGED Has EM converged?
% [converged decrease] = em_converged(loglik previous_loglik threshold)
%
% From the MIT-toolbox by Kevin Murphy 2003.
%
% We have converged if the slope of the log-likelihood function falls below ‘threshold‘ 
% i.e. |f(t) - f(t-1)| / avg < threshold
% where avg = (|f(t)| + |f(t-1)|)/2 and f(t) is log lik at iteration t.
% ‘threshold‘ defaults to 1e-4.
%
% This stopping criterion is from Numerical Recipes in C p423
%
% If we are doing MAP estimation (using priors) the likelihood can decrase
% even though the mode of the posterior is increasing.

if nargin < 3 threshold = 1e-4; end
if nargin < 4 check_increased = 1; end

converged = 0;
decrease = 0;

if check_increased
  if loglik - previous_loglik < -1e-3 % allow for a little imprecision
    fprintf(1 ‘******likelihood decreased from %6.4f to %6.4f!\n‘ previous_loglik loglik);
    decrease = 1;
converged = 0;
return;
  end
end

delta_loglik = abs(loglik - previous_loglik);
avg_loglik = (abs(loglik) + abs(previous_loglik) + eps)/2;
if (delta_loglik / avg_loglik) < threshold converged = 1; end

 属性            大小     日期    时间   名称
----------- ---------  ---------- -----  ----
     目录           0  2018-09-11 09:00  隐马尔科夫模型程序范例\
     文件          55  2018-08-27 11:33  隐马尔科夫模型程序范例\【源码使用必读】.url
     目录           0  2018-09-11 08:59  隐马尔科夫模型程序范例\mendelHMM\
     文件        1205  2003-06-28 16:36  隐马尔科夫模型程序范例\mendelHMM\em_converged.m
     文件        5975  2003-07-02 21:00  隐马尔科夫模型程序范例\mendelHMM\fwdback.m
     文件        4012  2004-01-16 14:07  隐马尔科夫模型程序范例\mendelHMM\gen_HMM_em.m
     文件         691  2003-06-30 10:20  隐马尔科夫模型程序范例\mendelHMM\HMM_logprob.m
     文件        3618  2004-05-03 21:41  隐马尔科夫模型程序范例\mendelHMM\init_diagonal.m
     文件        1715  2004-01-23 11:40  隐马尔科夫模型程序范例\mendelHMM\init_grid.m
     文件        1390  2004-05-04 16:45  隐马尔科夫模型程序范例\mendelHMM\init_random.m
     文件       48064  2004-01-16 14:32  隐马尔科夫模型程序范例\mendelHMM\mendelHMM.fig
     文件       18892  2004-05-04 16:35  隐马尔科夫模型程序范例\mendelHMM\mendelHMM.m
     文件         835  2003-06-28 16:39  隐马尔科夫模型程序范例\mendelHMM\mk_stochastic.m
     文件         591  2003-06-28 16:39  隐马尔科夫模型程序范例\mendelHMM\multinomial_prob.m
     文件         708  2003-06-28 16:40  隐马尔科夫模型程序范例\mendelHMM\normalise.m
     文件        4526  2002-12-29 13:18  隐马尔科夫模型程序范例\mendelHMM\process_options.m
     文件        1246  2004-01-24 18:25  隐马尔科夫模型程序范例\mendelHMM\readme.txt
     文件        2463  2004-01-23 11:51  隐马尔科夫模型程序范例\mendelHMM\resample_mendeldata.m
     文件         979  2004-01-23 11:52  隐马尔科夫模型程序范例\mendelHMM\sample_discr.m
     文件        1658  2004-01-23 11:53  隐马尔科夫模型程序范例\mendelHMM\sample_HMM.m
     文件         669  2004-01-23 11:54  隐马尔科夫模型程序范例\mendelHMM\sample_MC.m
     文件        1114  2004-01-23 11:55  隐马尔科夫模型程序范例\mendelHMM\set_diploidmode.m
     文件        1496  2004-01-23 11:56  隐马尔科夫模型程序范例\mendelHMM\set_tetraploidmode.m
     文件        1731  2004-01-23 11:56  隐马尔科夫模型程序范例\mendelHMM\view_dataseq.m
     文件        4257  2004-05-03 20:48  隐马尔科夫模型程序范例\mendelHMM\view_mendeldata.m
     文件        1288  2004-05-04 16:33  隐马尔科夫模型程序范例\mendelHMM\view_sampleddata.m
     文件        1646  2003-07-29 20:14  隐马尔科夫模型程序范例\mendelHMM\viterbi_path.m

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