隐马尔科夫模型程序范例

MATLAB编写的学习隐马尔科夫模型的程序

function [converged decrease] = em_converged（loglik previous_loglik threshold check_increased）
% EM_CONVERGED Has EM converged?
% [converged decrease] = em_converged（loglik previous_loglik threshold）
%
% From the MIT-toolbox by Kevin Murphy 2003.
%
% We have converged if the slope of the log-likelihood function falls below ‘threshold‘ 
% i.e. |f（t） - f（t-1）| / avg < threshold
% where avg = （|f（t）| + |f（t-1）|）/2 and f（t） is log lik at iteration t.
% ‘threshold‘ defaults to 1e-4.
%
% This stopping criterion is from Numerical Recipes in C p423
%
% If we are doing MAP estimation （using priors） the likelihood can decrase
% even though the mode of the posterior is increasing.

if nargin < 3 threshold = 1e-4; end
if nargin < 4 check_increased = 1; end

converged = 0;
decrease = 0;

if check_increased
  if loglik - previous_loglik < -1e-3 % allow for a little imprecision
    fprintf（1 ‘******likelihood decreased from %6.4f to %6.4f!\n‘ previous_loglik loglik）;
    decrease = 1;
converged = 0;
return;
  end
end

delta_loglik = abs（loglik - previous_loglik）;
avg_loglik = （abs（loglik） + abs（previous_loglik） + eps）/2;
if （delta_loglik / avg_loglik） < threshold converged = 1; end

 属性            大小     日期    时间   名称
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     文件       1205  2003-06-28 16:36  mendelHMM\em_converged.m

     文件       5975  2003-07-02 21:00  mendelHMM\fwdback.m

     文件       4012  2004-01-16 14:07  mendelHMM\gen_HMM_em.m

     文件        691  2003-06-30 10:20  mendelHMM\HMM_logprob.m

     文件       3618  2004-05-03 21:41  mendelHMM\init_diagonal.m

     文件       1715  2004-01-23 11:40  mendelHMM\init_grid.m

     文件       1390  2004-05-04 16:45  mendelHMM\init_random.m

     文件      48064  2004-01-16 14:32  mendelHMM\mendelHMM.fig

     文件      18892  2004-05-04 16:35  mendelHMM\mendelHMM.m

     文件        835  2003-06-28 16:39  mendelHMM\mk_stochastic.m

     文件        591  2003-06-28 16:39  mendelHMM\multinomial_prob.m

     文件        708  2003-06-28 16:40  mendelHMM\normalise.m

     文件       4526  2002-12-29 13:18  mendelHMM\process_options.m

     文件       1246  2004-01-24 18:25  mendelHMM\readme.txt

     文件       2463  2004-01-23 11:51  mendelHMM\resample_mendeldata.m

     文件        979  2004-01-23 11:52  mendelHMM\sample_discr.m

     文件       1658  2004-01-23 11:53  mendelHMM\sample_HMM.m

     文件        669  2004-01-23 11:54  mendelHMM\sample_MC.m

     文件       1114  2004-01-23 11:55  mendelHMM\set_diploidmode.m

     文件       1496  2004-01-23 11:56  mendelHMM\set_tetraploidmode.m

     文件       1731  2004-01-23 11:56  mendelHMM\view_dataseq.m

     文件       4257  2004-05-03 20:48  mendelHMM\view_mendeldata.m

     文件       1288  2004-05-04 16:33  mendelHMM\view_sampleddata.m

     文件       1646  2003-07-29 20:14  mendelHMM\viterbi_path.m

     目录          0  2011-01-11 22:44  mendelHMM

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