HMM工具箱+测试

直接可以添加到MATLAB中的隐马尔科夫工具箱，自带有测试小例子

function [loglik exp_num_trans exp_num_visits1 exp_num_emit exp_num_visitsT] = ...
compute_ess_dhmm（startprob transmat obsmat data dirichlet）
% COMPUTE_ESS_DHMM Compute the Expected Sufficient Statistics for an HMM with discrete outputs
% function [loglik exp_num_trans exp_num_visits1 exp_num_emit exp_num_visitsT] = …
%    compute_ess_dhmm（startprob transmat obsmat data dirichlet）
%
% INPUTS:
% startprob（i）
% transmat（ij）
% obsmat（io）
% data{seq}（t）
% dirichlet – weighting term for uniform dirichlet prior on expected emissions
%
% OUTPUTS:
% exp_num_trans（ij） = sum_l sum_{t=2}^T Pr（X（t-1） = i X（t） = j| Obs（l））
% exp_num_visits1（i） = sum_l Pr（X（1）=i | Obs（l））
% exp_num_visitsT（i） = sum_l Pr（X（T）=i | Obs（l））
% exp_num_emit（io） = sum_l sum_{t=1}^T Pr（X（t） = i O（t）=o| Obs（l））
% where Obs（l） = O_1 .. O_T for sequence l.

numex = length（data）;
[S O] = size（obsmat）;
exp_num_trans = zeros（SS）;
exp_num_visits1 = zeros（S1）;
exp_num_visitsT = zeros（S1）;
exp_num_emit = dirichlet*ones（SO）;
loglik = 0;

for ex=1:numex
obs = data{ex};
T = length（obs）;
%obslik = eval_pdf_cond_multinomial（obs obsmat）;
obslik = multinomial_prob（obs obsmat）;
[alpha beta gamma current_ll xi_summed] = fwdback（startprob transmat obslik）;

loglik = loglik +  current_ll;
exp_num_trans = exp_num_trans + xi_summed;
exp_num_visits1 = exp_num_visits1 + gamma（:1）;
exp_num_visitsT = exp_num_visitsT + gamma（:T）;
% loop over whichever is shorter
if T < O
for t=1:T
o = obs（t）;
exp_num_emit（:o） = exp_num_emit（:o） + gamma（:t）;
end
else
for o=1:O
ndx = find（obs==o）;
if ~isempty（ndx）
exp_num_emit（:o） = exp_num_emit（:o） + sum（gamma（: ndx） 2）;
end
end
end
end
end

 属性            大小     日期    时间   名称
----------- ---------  ---------- -----  ----
     目录           0  2014-05-01 18:09  hmm\
     文件        1736  2014-03-25 15:57  hmm\compute_ess_dhmm.m
     文件        4116  2014-03-25 15:20  hmm\dhmm_em.m
     文件         649  2014-03-25 15:21  hmm\dhmm_logprob.m
     文件         851  2014-03-25 15:24  hmm\em_converged.m
     文件        6955  2014-03-25 15:46  hmm\fwdback.m
     文件        1654  2014-03-25 18:34  hmm\hmm_test1.m
     文件         778  2014-03-25 15:28  hmm\mk_stochastic.m
     文件         823  2014-03-25 15:32  hmm\multinomial_prob.m
     文件         300  2014-03-25 15:32  hmm\normalise.m
     文件        4445  2014-03-25 15:34  hmm\process_options.m
     文件        1581  2014-03-25 15:34  hmm\viterbi_path.m