matlab实现的基因序列的预处理，筛选，重排列，规定格式输出

这段程序的主要作用是，从一个基因库中，查找到我们的目的基因，然后将该目的基因连带其后面的核苷酸序列一起按照fasta格式输出。为了方便后面的靶基因的预测，可以减少很大的工作量。本人从事生物信息分析很多年，可以帮忙进行一些个性化的数据分析工作。有兴趣联系我吧

clear all
fid=fopen（‘all0.txt‘‘r‘）;
fid1=fopen（‘result_selete.txt‘‘wt+‘）; %查找
fid2=fopen（‘target.txt‘‘r‘）;
 tline2=fgetl（fid2）;
  tline=fgetl（fid）;
 while ~feof（fid） 
     tline0=tline;
     tline=fgetl（fid）;
     a=size（findstr（tline2tline0（2:15）））;
     if a（11）==1&&tline0（16）==‘.‘
        fprintf（fid1‘%s\n‘tline0）;
        fprintf（fid1‘%s\n‘tline）;
     end
      
 end
 fclose all
  clear all
 fid2=fopen（‘result_selete.txt‘‘r‘）;

   fid1=fopen（‘部分查找出的序列.txt‘‘wt‘）; %分行显示查找结果
   while ~feof（fid2）
        tline2=fgetl（fid2）;
  if tline2（1）==‘>‘
        fprintf（fid1‘%s\n‘tline2）; 
  end 
  if tline2（1）~=‘>‘
     len=length（tline2）;
     e=mod（len60）;
     k=（len-e）/60;       
    for i=1:k
      fprintf（fid1‘%s\n‘tline2（60*（i-1）+1:60*i））; 
    end
   if e~=0
     fprintf（fid1‘%s\n‘tline2（60*k+1:len））;
   end
  end
   end
   
 fclose all              
           
 
 
 

 

 属性            大小     日期    时间   名称
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     文件        967  2014-02-25 20:59  基因序列的筛选\select.m

     文件        146  2014-04-08 16:40  基因序列的筛选\使用说明.txt

     文件          0  2014-04-08 16:37  基因序列的筛选\使用说明.txt.bak

     目录          0  2014-04-08 16:40  基因序列的筛选

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