生物地理学优化算法（BBO）源码

function [MinCost Hamming] = BBO（ProblemFunction DisplayFlag ProbFlag RandSeed）
% [最佳解决方案，hamming距离] = [函数句柄，是否显示打印，是否使用概率更新迁出率，随机数种子]
% 函数句柄 只是 在 初始化中用到
% ProblemFunction = [InitFunction CostFunction FeasibleFunction]

% Biogeography-based optimization （BBO） software for minimizing a general function

% INPUTS: ProblemFunction is the handle of the function that returns
%         the handles of the initialization cost and feasibility functions.
%                                         是返回初始化、成本和可行性函数句柄的函数的句柄
%         DisplayFlag = true or false whether or not to display and plot
%         results.                        是否显示和打印结果
%         ProbFlag = true or false whether or not to use probabilities to
%         update emigration rates.        是否使用概率更新迁出率
%         RandSeed = random number seed   随机数种子
% OUTPUTS: MinCost = array of best solution one element for each generation
%                    最佳解决方案数组，每代一个元素
%          Hamming = final Hamming distance between solutions     解之间的最终Hamming距离
% CAVEAT: The “ClearDups“ function that is called below replaces duplicates with randomly-generated
%         individuals but it does not then recalculate the cost of the replaced individuals. 
% 警告：下面调用的“cleardups”函数用随机生成的个体替换重复的个体，但是它不会重新计算被替换个体的成本。

% exit有两种形式：
% （1） b = exist（ a ）                若 a 存在，则 b = 1； 否则 b = 0；
% （2） b = exist（ ‘name‘ ‘kind‘）    kind 表示 name 的类型，可以取的值为：builtin（内建类型），class（类），
%                                   dir（文件夹），file（文件或文件夹），var（变量）  
if ~exist（‘DisplayFlag‘ ‘var‘）
    DisplayFlag = true;
end
if ~exist（‘ProbFlag‘ ‘var‘）
    ProbFlag = false;
end
if ~exist（‘RandSeed‘ ‘var‘）
    RandSeed = round（sum（100*clock））;   % clock  读取的是系统时间
end

[OPTIONS MinCost AvgCost InitFunction CostFunction FeasibleFunction ...
    MaxParValue MinParValue Population] = Init（DisplayFlag ProblemFunction RandSeed）;   % 初始化这是一个函数
% ProblemFunction = [InitFunction CostFunction FeasibleFunction]
% InitFunction 函数 得到的 OPTIONS
% MinCost AvgCost  MinCost是最小损失值，对应的是 最佳适宜度； AvgCost表示的是平均损失值，也就是 适宜度的平均水平
% InitFunction CostFunction FeasibleFunction  来自于函数的句柄  好像是自己定义的好像是？？？？？？
% MaxParValue MinParValue 是 InitFunction（OPTIONS） 得到的值
% Population 相当于是一个 栖息地，经过了 去重复、计算损失值、排序之后得到的结果


Population = CostFunction（OPTIONS Population）;  % 在初始化的时候  执行过了一次

% 栖息地修改概率
OPTIONS.pmodify = 1; % habitat modification probability
% 初始突变概率
OPTIONS.pmutate = 0.005; % initial mutation probability

% 精英参数：从一代人到下一代人，要保留多少最佳栖息地
Keep = 2; % elitism parameter: how many of the best habitats to keep from one generation to the next
% 每代的迁入概率下限
lambdaLower = 0.0; % lower bound for immigration probabilty per gene
% 每代的迁入概率上限
lambdaUpper = 1; % upper bound for immigration probabilty per gene

% 用于概率数值积分的步长
dt = 1; % step size used for numerical integration of probabilities
% 每个栖息地 最大迁入率
I = 1; % max immigration rate for each island
% 每个栖息地 最大迁出率
E = 1; % max emigration rate for each isl