MATLAB程序——癫痫病人的脑电信号提取

MATLAB & Bash Scripts for analyzing neurodata acquired from epilepsy patients

function varargout = dicm2nii（src dataFolder varargin）
% DICM2NII converts dicom files into NIfTI or img/hdr files. 
% 
% DICM2NII（dcmSource niiFolder outFormat MoCoOption subjName）
% 
% The input arguments are all optional:
%  1. source file or folder. It can be a zip or tgz file a folder containing
%     dicom files or other convertible files. It can also contain wildcards
%     like ‘run1_*‘ for all files start with ‘run1_‘.
%  2. folder to save result files.
%  3. output file format:
%      0 or ‘nii‘           for single nii uncompressed.
%      1 or ‘nii.gz‘        for single nii compressed （default）.
%      2 or ‘hdr‘           for hdr/img pair uncompressed.
%      3 or ‘hdr.gz‘        for hdr/img pair compressed.
%      4 or ‘3D.nii‘        for 3D nii uncompressed （SPM12）.
%      5 or ‘3D.nii.gz‘     for 3D nii compressed.
%      6 or ‘3D.hdr‘        for 3D hdr/img pair uncompressed （SPM8）.
%      7 or ‘3D.hdr.gz‘     for 3D hdr/img pair compressed.
%  4. MoCo series options:
%      0 create files for both original and MoCo series.
%      1 ignore MoCo series if both present （default）.
%      2 ignore original series if both present.
%     Note that if only one of the two series is present it will be created
%     always.
%  5. subject name for the data. The code can do only one subject each time.
%     If you have a folder or zip/tgz file for multiple subjects （not
%     recommended） you can specify which subject to convert with the 5th input.
%     The name should be the Patient Name entered at scanner console for in
%     format of LastName^FirstName such as Smith^John or simply the Last name
%     if no First name was provided to the console. If you already have mixed
%     subject data in a folder you can let the code return the unconverted
%     subject names in the second output argument and then provide each of
%     subjects as the 5th input to convert data into specific subject folder
%     （see example below）.
%     A better method to deal with mixed subject data is to use SORT_DICM to
%     sort files into different subject folder then convert one by one.
% 
% The optional output are converted （1st） and unconverted （2nd） PatientName.
% 
% Typical examples:
%  dicm2nii; % bring up user interface if there is no input argument
%  dicm2nii（‘D:/myProj/zip/subj1.zip‘ ‘D:/myProj/subj1/data‘）; % zip file
%  dicm2nii（‘D:/myProj/subj1/dicom/‘ ‘D:/myProj/subj1/data‘）; % folder
% 
% Less useful examples:
%  dicm2nii（‘D:/myProj/dicom/‘ ‘D:/myProj/subj2/data‘ [] [] ‘subj2‘）;
%  dicm2nii（‘D:/myProj/dicom/run2*‘ ‘D:/myProj/subj/data‘）;
%  dicm2nii（‘D:/dicom/‘ ‘D:/data‘ ‘3D.nii‘）; % SPM style files
% 
% Example to deal with multiple subjects:
%  [converted otherSubj] = dicm2nii（‘D:/myProj/dicom/‘ ‘D:/myProj/subj1/data‘）;
%  movefile（‘D:/myProj/subj1‘ [‘D:/myProj/‘ converted]）; % rename folder
%  In case of multiple subjects above command will convert one of the su

 属性            大小     日期    时间   名称
----------- ---------  ---------- -----  ----
     目录           0  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\
     文件          62  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\.gitignore
     目录           0  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\DICM2NII\
     文件       81439  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\DICM2NII\dicm2nii.m
     文件         316  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\DICM2NII\dicm2nii_gui_para.mat
     文件       46448  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\DICM2NII\dicm_dict.m
     文件       34182  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\DICM2NII\dicm_hdr.m
     文件        4810  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\DICM2NII\dicm_img.m
     文件       38889  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\DICM2NII\nii_tool.m
     文件       59992  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\DICM2NII\pigz
     文件      241865  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\DICM2NII\pigz.win
     文件      119888  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\DICM2NII\pthreadGC2.win
     文件        5586  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\DICM2NII\rename_dicm.m
     文件        3024  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\DICM2NII\sort_dicm.m
     目录           0  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\EPISURG_MATLAB_ADMIN\
     文件         288  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\EPISURG_MATLAB_ADMIN\binaryQuery.m
     文件        2629  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\EPISURG_MATLAB_ADMIN\checkCfg.m
     文件         120  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\EPISURG_MATLAB_ADMIN\checkFile.m
     文件        2736  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\EPISURG_MATLAB_ADMIN\csv2Cell.m
     文件        3203  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\EPISURG_MATLAB_ADMIN\csv2CellOneCol.m
     文件        3809  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\EPISURG_MATLAB_ADMIN\csv2CellQ2.m
     文件         855  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\EPISURG_MATLAB_ADMIN\findStrInCell.m
     文件         363  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\EPISURG_MATLAB_ADMIN\findTpt.m
     文件         748  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\EPISURG_MATLAB_ADMIN\getFsurfSubDir.m
     文件        7064  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\EPISURG_MATLAB_ADMIN\mgrid2matlabORIG.m
     文件         222  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\EPISURG_MATLAB_ADMIN\nearestValId.m
     文件         282  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\EPISURG_MATLAB_ADMIN\rmChar.m
     文件         777  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\EPISURG_MATLAB_ADMIN\rmSubstring.m
     文件         489  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\EPISURG_MATLAB_ADMIN\universalNo.m
     文件         440  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\EPISURG_MATLAB_ADMIN\universalYes.m
     目录           0  2017-01-25 18:05  EpiSurg-master\FSURF_MATLAB\
............此处省略293个文件信息