matlab开发-DynaSimDynaSim

matlab开发-DynaSimDynaSim。Dynasim简化了建立和模拟动力系统模型的过程。

% %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%% DynaSim Demos
% %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%{
Download DynaSim toolbox from https://github.com/dynasim/dynasim.
  or download using git: git clone https://github.com/dynasim/dynasim.git
For further documentation see tutorial.m in the demos directory
Sign up for user mailing list at: https://groups.google.com/forum/#!forum/dynasim-users.

Tip: In Matlab you can obtain more information associated with any function “FUNCTION_NAME“
by entering “help FUNCTION_NAME“ in the command window. Use the “See also“ list
at the end of the help section to browse through related help documentation.
%}

% Add DynaSim to path if it‘s not already there
if exist（‘setupDynaSimPath‘‘file‘）
    setupDynaSimPath;
else
    error（‘Add the DynaSim folder to the MATLAB path - e.g.） addpath（genpath（‘‘/path/to/dynasim‘‘））‘）;
end

% Set where to save outputs
output_directory = dsGetConfig（‘demos_path‘）;

% move to root directory where outputs will be saved
mkdir（output_directory）;
cd（output_directory）;

% Here we go!

% %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%% DEFINING AND SIMULATING MODELS
% %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

%% Lorenz equations with phase plot

% DynaSim makes it easy to simulate arbitrary systems of ordinary
% differential equations. Simply write out the system in a cell array of
% strings separating equations into different strings or the same string
% separated by semicolons.

eqns={
  ‘s=10; r=27; b=2.666‘
  ‘dx/dt=s*（y-x）;   x（0）=1‘
  ‘dy/dt=r*x-y-x*z; y（0）=2‘
  ‘dz/dt=-b*z+x*y;  z（0）=.5‘
};
data=dsSimulate（eqns ‘time_limits‘[0 100] ‘solver‘‘rk4‘）;

% time_limits: time limits on integration [ms]
% solver: numerical method to use （default: rk4 = “4th-order Runge-Kutta“）

% All models are numerically integrated using a DynaSim solver function
% created uniquely for a given model and stored in a directory named
% “solve“. The file that solves the system （i.e. numerically integrates
% it） is stored in data.simulator_options and can be viewed or rerun afterwards:
edit（data.simulator_options.solve_file）

% Every component of the model is assigned to a “population“ and the
% population name （default: ‘pop1‘） is prepended to all variable and
% function names.

% Simulated data can be easily plotted using the resulting data structure:
figure; plot（data.pop1_xdata.pop1_z）; % <-- Figure 1 in DynaSim paper
title（‘Lorenz equations‘）; xlabel（‘x‘）; ylabel（‘z‘）

%% Izhikevich neuron with noisy drive
% （reference: p274 of “Dynamical Systems in Neuroscience“ by Izhikevich）

% The DynaSim data structure always contains the model state variables
% time vector and a copy of the DynaSim model structure that was
% simulated. Additionally functions can be recorded and returned in the
% DynaSim data structure if indicated using the “monitor“ keyword.
% Syntax: monitor F

 属性            大小     日期    时间   名称
----------- ---------  ---------- -----  ----
     目录           0  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\
     文件          36  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\.gitattributes
     文件         222  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\.gitignore
     文件         295  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\.gitmodules
     文件        1067  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\LICENSE
     文件        2030  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\README.md
     目录           0  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\demos\
     文件       23627  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\demos\dsDemos.m
     文件       45259  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\demos\dsTutorial.m
     目录           0  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\demos\examples\
     目录           0  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\demos\examples\Multicompartment_PFC_neurons\
     文件         802  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\demos\examples\Multicompartment_PFC_neurons\DS00CaDyn.mech
     文件         937  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\demos\examples\Multicompartment_PFC_neurons\DS00KDyn.mech
     文件         858  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\demos\examples\Multicompartment_PFC_neurons\DS00iDR.mech
     文件        1247  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\demos\examples\Multicompartment_PFC_neurons\DS00iKCa.mech
     文件        1047  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\demos\examples\Multicompartment_PFC_neurons\DS00iNa.mech
     文件         865  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\demos\examples\Multicompartment_PFC_neurons\DS00iNaP.mech
     文件         809  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\demos\examples\Multicompartment_PFC_neurons\DS02iHVA.mech
     文件         796  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\demos\examples\Multicompartment_PFC_neurons\DS02iKS.mech
     文件       33233  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\demos\examples\Multicompartment_PFC_neurons\Multicompartment_PFC_neurons.m
     文件         708  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\demos\examples\Multicompartment_PFC_neurons\TW03iH.mech
     文件         350  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\demos\examples\Multicompartment_PFC_neurons\pas.mech
     文件        1514  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\demos\examples\dsHarmonicOscillator.m
     文件        7921  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\demos\examples\dsLIFnetwork.m
     文件         585  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\demos\examples\dsMulticompartmentNeurons.m
     文件        1714  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\demos\examples\dsReactionDiffusion2D.m
     文件        1731  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\demos\examples\dsShuntingNetwork2D.m
     文件        1477  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\demos\setupDynaSimPath.m
     目录           0  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\docs\
     文件         296  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\docs\online_documentation.html
     文件         348  2019-07-18 20:10  DynaSim-DynaSim-d6b709f\docs\online_function_reference.html
............此处省略454个文件信息